Este Centro tem por missão identificar, analisar e comunicar as ameaças existentes e emergentes que as doenças infeciosas possam constituir para a saúde humana e trabalha em seis domínios, a saber, a vigilância, o apoio à preparação e à resposta a surtos, a emissão de pareceres científicos, a vigilância microbiológica, a formação e a comunicação em matéria de saúde pública. Durante a primavera e o verão de 2022, o Centro deu simultaneamente apoio a três planos de emergência de saúde pública em execução, nomeadamente contra a COVID-19, a varíola e a hepatite de origem desconhecida em crianças, tendo a capacidade deste centro sido testada.