São sobejamente conhecidas as ligações desta com os grandes grupos económicos e multinacionais do sector agroalimentar. As inúmeras objeções apresentadas pelo Parlamento Europeu, e por nós apoiadas, à entrada de produtos oriundos de ‘Organismos Geneticamente Modificados’ no mercado da UE que tiveram sempre o aval positivo desta agência, demonstra os interesses que norteiam a sua ação.