Em relação ao alinhamento com o tratado de Lisboa, a Comissão em termos globais propõe que seja assegurada uma utilização eficiente e direccionada dos fundos no que diz respeito ao tratamento dos beneficiários, aspecto que está na sua maioria abrangido pelos actos delegados desta proposta. Outras disposições dos programas, medidas e regras são abordadas na proposta por actos de execução que devem ser adoptados pelos Estados­Membros.
No que respeita à simplificação, a proposta aponta para alguns aspectos positivos, nomeadamente num alargamento às zonas descritas no artigo 10º da directiva habitats, sobre o apoio à rede Natura 2000, sendo reduzido o número de relatórios anuais de progressos e relatórios sucintos sob o tema de Desenvolvimento Rural, facilitando os controlos de ecocondicionalidade. São também alteradas as regras relativamente à utilização dos serviços de consultadoria.
Por outro lado, possibilita a todos os Estados­Membros o financiamento para apoio à criação e ao funcionamento administrativo dos agrupamentos de produtores, assim como harmoniza o FEADER e o FEDER (Fundo Europeu de Desenvolvimento Regional), propondo que o IVA para sujeitos não passivos (instituições públicas) passe a ser elegível para uma contribuição do FEADER.