Na sua Comunicação de 2004 sobre o financiamento da rede Natura 2000(1), a Comissão apresentou as suas ideias sobre o modo como o financiamento da rede Natura 2000 poderia ser integrado nos diferentes instrumentos de financiamento comunitários.

Em consonância com essa abordagem, foram estabelecidas possibilidades de financiamento da rede em todos os regulamentos de financiamento sobre esta matéria apresentados pela Comissão no contexto das propostas de orçamento para 2007-2013. Os principais instrumentos que podem cobrir alguns dos custos da Natura 2000 são o Fundo Europeu Agrícola de Desenvolvimento Rural (FEADER) e os Fundos Estrutrurais (FEDER).

Segundo o princípio da subsidiariedade, na elaboração dos programas nacionais e regionais a financiar pelos vários fundos, cabe a cada Estado-Membro e região decidir o modo de ter em conta as necessidades dos seus sítios Natura 2000.

Para dar a conhecer melhor as possibilidades de financiamento da rede Natura 2000 ao abrigo dos instrumentos de financiamento comunitários, a Comissão elaborou um guia e, para facilitar o acesso ao seu conteúdo, está agora a transformá-lo numa ferramenta informática, cuja primeira versão está disponível em: http://www.financing-natura2000.moccu.com. O guia e uma descrição da ferramenta informática encontram-se no sítio Web da Comissão:
http://ec.europa.eu/environment/nature/natura2000/financing/index_en.htm.   

A ferramenta gera “relatórios de financiamento” baseados nas informações do guia. No entanto, as oportunidades de co-financiamento europeu poderão não ser aplicáveis a todos os sítios devido às variações das condições e dos programas dos Estados-Membros. Assim, a Comissão está a estudar a possibilidade de elaborar versões daquela ferramenta mais "à medida", adaptadas às regras específicas em vigor em cada Estado-Membro.

(1) COM (2004) 431 final.